Masson（藍、綠）
用兩種或三種陰離子染料混合，原纖維呈藍色，肌纖維呈紅色。用來顯示組織中纖維以及炎性因子的染色方法之一。
尼氏小體
Nissl染色染色後呈藍紫色，常用於顯示腦或脊髓的基本神經結構。Nissl小體大而數量多，說明神經細胞合成蛋白質的功能較強;相反在神經細胞受到損傷時，Nissl小體的數量會減少甚至消失。
阿爾新藍
阿爾新藍屬於陽離子染料，是顯示酸性黏液物質最特異的染料，染料與酸性基團形成鹽鍵。利用染料的不同pH及不同電解質濃度，可區分酸性黏液物質的類別。具有金屬光澤的墨綠色結晶。主要可用於粘蛋白染色，細菌染色，潤滑液中作為膠凝劑。
VonKossa鈣化染色
染色利用金屬離子置換反應檢測組織中鈣鹽沈積，由硝酸銀溶液中的銀離子置換組織中沈積的鈣離子。
PAS
PAS染色法(Periodic Acid-Schiff stain)在組織學上，主要用來檢測組織中的糖類。過碘酸把糖類相鄰兩個碳上的羟基氧化成醛基，再用Schiff試劑和醛基反應使呈現紫紅色。
網織纖維染色（銀染）
是指在疏松結締組織 中含量較少，纖維較細，有分支，彼此交織成網狀。 用浸銀法可將纖維染成黑色，故又稱嗜銀纖維(argyrophilic fiber)。
EVG
全稱VERHOEFF’S VAN GIESON染色，能顯示黑色彈性纖維與紅色膠原纖維,一些彈性組織萎縮的肺氣腫病例,動脈粥樣硬化的彈性纖維變薄和缺失,及其他血管疾病,或者是隨着年 齡的增加皮膚的彈性纖維發生裂隙或破碎等改變,並使皮膚松弛和形成皺紋等等均可使用此方法進行鑒別。
甲苯胺藍(肥大細胞)
甲苯胺藍(Toluidine blue)中的陽離子有染色作用，組織細胞的酸性物質與其中的陽離子相結合而被染色。可染細胞核使之呈藍色;肥大細胞胞質內含有肝素和組織胺等異色性物質遇到甲苯胺藍可呈異染性紫紅色，可用於尖銳濕疣的初篩及肥大檢測。
革蘭氏
革蘭氏染色是用來鑒別細菌的一種方法，細菌細胞壁上的主要成份不同，利用這種染色法，可將細菌分成兩大類，即革蘭氏陽性菌與革蘭氏陰性菌。革蘭氏染色的對象是細菌的細胞壁，染色後細菌與環境形成鮮明對比，可以清楚地觀察到細菌的形態、排列及某些結構特征，而用以分類鑒定。
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